Om de oorsprong van het ras te reconstrueren, wordt vaak verwezen naar de grote mastiffs die de Romeinse legioenen achterlieten met de troepen die bestemd waren om de strategische punten op de grote communicatieroutes te bezetten. Het lijkt vrij waarschijnlijk dat dit de oorsprong kan zijn van de St. Bernard-honden en de grote veedrijvershonden die in verschillende Zwitserse kantons wijdverspreid zijn, maar het eerste zekere bewijs van de aanwezigheid van deze honden op de Grote St. Bernard-pas, die toen Col de Mont Joux (Mons Jovis) heette, dateert uit de tweede helft van de zeventiende eeuw, toen de  Italiaanse schilder Salvator Rosa  een grote molosser afbeeldde die sterk leek op de moderne St. Bernard-hond.

Waarschijnlijk werden de eerste honden, toen nog niet identificeerbaar met het huidige ras, maar met de verdwenen alpenmastiff , rond 1660 door de adellijke families van Wallis geschonken aan de kanunniken die in het hospice op Grote Sint-Bernardpas (Col du Grand Saint-Bernard)   woonden, voor de bewaking en bescherming van het hospice zelf tegen de niet zelden voorkomende kwade bedoelingen (de kronieken melden talrijke episodes van bandieten), maar ook voor tal van andere toepassingen, van het vervoer van kleine ladingen (melk, kaas) tot de levering van aandrijfkracht (een molenapparaat, bediend door honden, bewoog de enorme spit van de keuken van het hospice). Maar de taak die hen beroemd maakte in de wereld was die van hulptroepen van de kanunniken (marronnier "de voorloper van de berggids" ) bij het traceren van het spoor in verse sneeuw, het voorspellen van de val van lawines en het vinden van reizigers die verdwaald waren bij slecht weer.

Onder hen was de beroemdste Barry I (1800-1814), die de hoofdrolspeler was van de redding van minstens 40 mensen. Na zijn dood werd zijn lichaam gebalsemd en bewaard in het Natuurhistorisch Museum in Bern en sindsdien heet de beste reu van elk nest van de hospice-kennel Barry. Bovendien begon het ras, tot dan toe bekend als de "Alpine Mastiff", bekend te worden als chien Barry (Barry-hond).

De naam St. Bernard-hond, van de heilige van Aosta, werd voor het eerst aangenomen in 1862, ter gelegenheid van een hondenshow in de buurt van birmingham en werd rond 1880 algemeen gebruikt. De eerste rasstandaard werd geschreven in 1887.

Al vanaf het midden van de negentiende eeuw werd de schade gerealiseerd die werd veroorzaakt door de buitensporige inteelt onder de reproducenten die aanwezig waren op de hospice-boerderij en daarom werd besloten om zijn toevlucht te nemen tot de kruising met de Newfoundlander-hond, die het meest geschikt werd geacht voor fysieke en attitudeovereenkomsten. Het resultaat van deze kruising was het verschijnen van het lange haar, een karakteristieke vacht van de meest voorkomende van de twee variëteiten van het ras vandaag, maar beschouwd als minder geschikt dan het korte haar voor werk in de sneeuw. De meest geschikte haarsoort voor redding blijft daarom de originele, kortharige.

In de eerste jaren van de twintigste eeuw  had het ras zich over heel Europa verspreid, maar de populariteit leidde, zoals wel vaker gebeurt, ook tot enkele afwijkingen van het oorspronkelijke type. Kruisingen met Engelse Masstiffs en andere rassen werden geïntroduceerd, samen met een selectie gericht op het accentueren van de kenmerken van grootte, vacht, laksheid van de huid, gericht op uitsluitend "esthetische" factoren, vaak ten koste van de functionaliteit. Met name de tweede Wereldoorlog heeft ernstige schade aangericht aan deze, evenals aan vele andere rassen.